アスリート（陸上競技選手）、兵士、警察官、消防士など、高い身体能力が要求される職業に従事する人々にとっては、有酸素運動では十分なトレーニング効果を享受できない可能性が高い。
全身の筋肉の強度、その中でも特に上半身の筋肉強度は、有酸素運動においては強化されない場合が多い。
また、嫌気性代謝にかかわる経路（解糖と乳酸発酵）をその人の限界速度まで機能させられないため、運動能力の上限を底上げすることは難しい。
しかし有酸素運動を既存のトレーニングに追加した場合、高い効果が得られるであろうことは間違いない。
人によっては「エアロビクス」中に身体にダメージを受けることがある。このような場合はエアロビクスに固執せず、身体にかかる負担のより少ない運動（ローインパクト・エクササイズ、例えば水泳など）をするべきである。
有酸素運動では他の運動、例えばウェイトトレーニング等と比べ、安静代謝率をそれほど著しく増加させることがなく、そのため減量効果もそれらに比べて少ない。
しかし有酸素運動の方が長時間かつより頻繁な運動をするため、消費するカロリーはこちらの方が多い。